도심 서쪽으로 27km 떨어진 마르세이유 프로방스 공항(MRS)은 프랑스에서 5번째로 붐비는 공항으로 2014년 약 820만 명의 승객이 이용하였다. 마르세이유에서 프랑스 지역, 유럽, 아프리카, 중동, 북미, 캐리비안 등 130개 이상의 공항과 직항으로 연결된다. 에어 프랑스, 이지젯, 루프트한자 항공, 라이언 항공, 부엘링 항공 등이 이 공항으로 취항한다. 마르세이유 프로방스 공항에서 이용할 수 있는 육상 운송 수단으로는 택시, 셔틀 버스, 기차, 렌터카 등이 있다. 제공되는 편의 시설로는 상점, 식당, 비즈니스 센터, 수하물 포장, 무선인터넷, ATM, 은행, 환전소 등이 있다.